Η ιστορία του σχολείου μας ξεκινάει από πολύ παλιά.
Το 1959, όπως αποδεικνύει σχετική σφραγίδα του Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων, ξεκίνησε τη λειτουργία του το
Μικτό Γυμνάσιο Καλλιθέας και στεγαζόταν στην οδό Μεγαλουπόλεως 21.
Το Μικτό Γυμνάσιο Καλλιθέας προήλθε από τον Α’ κύκλο του Οικονομικού Γυμνασίου Καλλιθέας και λειτούργησε σαν αυτοτελές σχολείο από το σχολικό έτος 1976-1977 με δυναμικότητα 500 μαθητών, οι οποίοι κατανέμονταν σε 13 τμήματα.
Συστεγαζόταν δε με το Μικτό Γυμνάσιο Τζιτζιφιών.
Στις 16 Μαΐου 1979 μισθώθηκε το ιδιωτικό κτίριο της Σχολής Γαλιατσάτου της οδού Αραπάκη 50.
Στις 21 Μαΐου 1979 ο τότε Γυμνασιάρχης Μίχος Δημήτριος παρέλαβε το οίκημα από τον ιδιοκτήτη Γαλιατσάτο Αθανάσιο επί δημαρχίας Βασιλείου Βαθρακοκοίλη.
Τον Νοέμβριο του 1979 το Μικτό Γυμνάσιο Καλλιθέας μετακόμισε στην οδό Αραπάκη 50, όπου στεγάζεται έως και σήμερα.
Δεν γνωρίζουμε πότε μεταφέρθηκε στον ίδιο χώρο και το Μικτό Γυμνάσιο Τζιτζιφιών.
Έως 31 Αυγούστου 1979 το σχολείο ονομάζεται Μικτό Γυμνάσιο Καλλιθέας.
Από 1 Σεπτεμβρίου1979 το σχολείο μετονομάζεται σε 5ο Γυμνάσιο Καλλιθέας.
Το σχολικό έτος 1985-1986 αποχώρησε το Μικτό Γυμνάσιο Τζιτζιφιών και το σχολείο λειτούργησε ως 5ο Γυμνάσιο Α’ και Β’ κύκλος, με Διευθυντή τον κο Αρβανίτη Κωνσταντίνο και υποδιευθυντές τους κκ Πράσινο Νικόλαο και Φίλη Δημήτριο για τον κάθε κύκλο αντίστοιχα.
Ένα χρόνο αργότερα, το σχολικό έτος 1986-1987 ο Β’ κύκλος μετονομάστηκε σε 12ο Γυμνάσιο Καλλιθέας.
Το 1994 το 12ο Γυμνάσιο Καλλιθέας αποχώρησε από το κτίριο της οδού Αραπάκη και στεγάζεται πλέον στην οδό Κρέμου 34, όπου και λειτουργεί μέχρι και σήμερα.
Το 5ο Γυμνάσιο Καλλιθέας, λόγω της θέσης και της παλαιότητας του θεωρείται ένα από τα εμβληματικά τοπόσημα της ιστορίας της πόλης μας.
Χιλιάδες μαθητές/τριες έχουν αποφοιτήσει όλα αυτά τα χρόνια από το σχολείο μας και εκφράζουν συγκίνηση και νοσταλγία για τα μαθητικά τους χρόνια καθώς μιλούν για ένα περιβάλλον υποστηρικτικό, ένα φυτώριο μάθησης, που αγκάλιαζε διαχρονικά το μαθητικό του δυναμικό και κατέθετε τα μέγιστα στην προσπάθεια εκπαίδευσης και διαπαιδαγώγησής του.
Ευχή όλων μας η συνέχιση της πορείας του.